Afin d'empêcher le Lord Suprême de voler les pouvoirs du maître d'or et ainsi devenir tout puissant, les ninjas doivent être numérisés pour aller le combattre à l'intérieur du Digivers. Les voilà plongés dans un jeu vidéo dont ils devront très vite comprendre les règles s'ils veulent avoir une chance de s'en sortir. Pendant ce temps, dans le monde réel, Pythor tente de piéger les ninjas à l'intérieur de l'univers numérique à tout jamais...
